а кто то живет по "новым" и скачет со списком "To Do" до и после каждой установки или смены папки эмуля
но ничего, скоро нас научат современно и по книжкам хранить настройки онлайн в облаке и будет рай на земле
Application Data линкуешь в Dropbox, вот и облачные сохранения

Конечно, если бы все следовали рекомендациям мелкомягких, а не сохраняли куда попало. Когда переустанавливаю, то всегда копирую папку профиля и восстанавливаю по мере необходимости. Да и переустанавливать ОС зачем так сразу радикально. Можно создать новый профиль и скопировать в него нужное.
Лично меня не Application Data и Local Settings\Application Data напрягает, а то что не все следуют стандартам. Кто-то сохраняет в реестр, кто-то в папку программы, кто-то в документы (что вообще дикость, и это часто. Например, AVerTV. А игры так поголовно любят насоздавать там папок). В реестр, кстати, не рекомендует сохранятся уже и сама Майкрософт, вроде как.
В папке программы, кстати, может не быть прав на запись, чтобы что-то там менялось.
Касательно эмулей, так они почти все и так портативные, либо настроить пару сек. Да и переустанавливать часто систему зачем? Можно сделать образ системы на крайний случай.
ePSXe и PCSXR можно сделать портативную сборку. Лично у меня норм работает. Правдо, всё равно в реестр пишет, но будет сохранять настройки плагинов в своей папке. Старый эмуль, что с него взять, а вряд ли его смогут переработать полностью с сохранением совместимости со старыми плагинами.
И если так всё не нравится, то можно перебираться на Linux или на Андроидодевайсы.