kinaman, ты бы посмотрел сначала, каким кодеком ужата твоя оцифровка, большинство аппаратов жмет в весьма экзотические подформаты, и если он у тебя во MPEG (наиболее вероятный вариант), то ничего удивительного.
Лично я в таких случаях сначала перегоняю в монтажный формат (кодек Forward JPEG+WAV), а уж потом из него жму в DiVX. Причем во избежание косяков аудио и видео потоки жму по очереди - сначала видео (аудио оставляю в WAV), а уж на следующий заход Video > Direct Stream Copy, а WAV в MP3.
Возможно, твой косяк чисто из-за аудиодорожки, бывает часто, если в исходнике звук VBR. Тогда сохрани файл с видео так, как есть, а звук разожми в WAV, и только потом зажимай в DiVX, также раздельно по дорожкам.