Тут CT2 не поможет, как и другие тайловые редакторы.
Если формат этих файлов - bclim, bflim, ctpk, ctxb, cgfx, txob, cmd, gmio - поможет
Texturipper. Можно вынуть в png.
Обратно им никак не вставить, он только вытаскивает.
В ctpk можно конвертнуть обратно из Png тулзой из SDK (ctr_texturepackager), также утилиты есть на gbatemp.
В bClim тоже можно, гугли png2bclim. Пока не все форматы графики поддерживает (я о формате именно картинки: IA8, RGBA8888, RGB565, ETC1A4 и тп.)
Еще EveryFileExplorer попробуй, но он тоже пока WIP.
Вот тут подборка всех существующих утилит для 3DS.
Сам жду не дождусь возможности сконвертить картинку в ctxb и bflim.
В твоем файле bnr.cgfx 4 картинки, вынуто texturipper-ом.