Mega Everdrive v3 не содержит некоторых фич для Homebrew-разработок (usb-порт для заливки прямо с компа, плюс проц не такой крутой, отсюда и цена ниже), в то время как Mega Everdrive v2 имеет более крутой проц и usb-порт.
В общем, если разрабатывать свои игры на сегу желания нет, а только лишь играться - однозначно v3.