Средняя нога - это коллектор, соответственно выход стабилизатора. Если там КЗ (0 Ом) при снятом транзисторе, то в первую очередь мануал в руки и отслеживать питание. Цепь +3,3 делится на цифровую (DIG_+3,3V) и управление (CTR_+3,3V). Там можно поснимать некоторые элементы чтобы разделить цепи, по схеме видно. Разъёмы джойстиков / карт памяти смотрел, ничего не замыкает?