Нашел на GBAtemp небольшой тул для сжатия образов WUD
на выходе получаются файлы WUX которые тоже воспринимаются эмулятором однако многие игры гораздо меньше чем стандартные 23,3Гб
к примеру:
Wind Waker HD Pal
Wud 23,3гб ->Wux 2,77гб
New Super Mario Bros
Wud 23,3гб ->Wux 1,78гб
В общем экономим драгоценное место