С ниндзя та же история, что и в кино 80-х годов. Месть ниндзя - во всём чёрном ниндзя карабкается по белой стене небоскрёба. Или ходит в таком виде среди дня. Зачем? Ну для контраста - плохой ниндзя в чёрном резко выделяется на фоне обстановки. В фильме Американский ниндзя 4 ниндзя всех цветов радуги - жёлтые, красные, чёрные. Поэтому в игры про ниндзя, все штампы кино дружно и перекочевали. Сошла мода на них в кино, перестали штамповать игры про них. И да, в играх ниндзя не убийца-террорист, а настоящий спартанец. Прёт напролом, вооружён только мечём и ещё высоко прыгает. Наверное на NES или SMD по другому и нельзя было.
P.S. Благодоря фильмам про ниндзя у нас появилось новое выражение - пашеш как ниндзя. Так что ничто не проходит безследно)