В общем, после долгих тестов, подтяжек и перепаек проблема осталась. Судя по всему проблема с микрухой TA-457.
Но история повторилась. Пришёл Genesis оригинал и там почти такая же проблема

Почти, потому что нажатия на втором порту идут даже без джойстика. Срабатывает крестовина, одновременное нажатие вперёд+назад, из-за чего персонаж всё время движется вправо как бы в замедленном действии. Если подсоединить джойстик, то можно понажимать на кнопки действия, и они даже срабатывают (прыжок, стрельба), но на нажатия по крестовине джойстика никакой реакции, продолжает медленно ползти вправо. Очень расстроен, редкая плата, долго искал...