угу, fc.exe и comp.exe - встроенные в винду сравнивалки.
но они "тупые", допустим взяли бинарник, вставили (добавили) в его начало один байт, сохранили как другой файл. сравниваем "тупыми" сравнивалками - они выдают нереальную простыню различий, типа файлы вообще разные.
с такими вот задачами хорошо справляется Beyond Compare