Игры легко запускать перетаскиванием в эмулятор.
Есть эмуляторы с менеджерами, типа RetroCopy. Элементарно пишется батник или свой менеджер, потому что везде есть способ запуска программы с аргументами. Допустим fceux нужно просто запустить, указав путь до файл: fceux.exe game.nes. Следовательно для батника достаточно написать fceux.exe "Gradius (U) [!].nes" или что-то вроде C:\fceux.exe "C:\Games\Gradius (U) [!].nes" (напомню, что кавычки нужны, если встречаются пробелы в пути). Можно создать ярлык для эмулятора (ПКМ -> Отправить -> Рабочий стол) и в свойствах ярлыка добавить аргументом путь до игры, там же иконку поменять на любую (прикрепил картинку на которой видно как это выглядит). Самый простой способ с ассоциацией уже высказали, меняется через свойства любого nes-файла.