FCEU и loopy's разные, просто похожи. Про mess не знаю, на вид как FCEU, нет возможности сравнить, посмотрю позже. PAL и Matthew conte's различаются некоторыми значениями, правда разница на 1 в компоненте RGB
Не думаю, что стоит удалять.
А что особенного в ваших палитрах? Я не знаю какие авторитетнее, если какие-то более менее известные, то можно добавить.
--------
Посмотрел mess палитру, у неё два цвета по 0, а у FCEU заданы. Наверно mess можно удалить, да Matthew conte's впрочем тоже.
Обновил на гитхабе: исправление ширины/высоты, соотношение сторон, interlacing on. Выход в ELF в коде выглядит также, позже ещё посмотрю. Попробуйте выход в ELF сделать с сохранёнными настройками, я заметил что FDS ром не грузится, если не сохранить конфиг, биос не находит.
Кстати, я не переходил на старый FCEU, тот билд был просто так, потому что не уверен в стабильности. Возможно где-то отдельно выложу вариант с ним.
--------
Сохранения на жёстком диске у меня тоже не работают, в 90i работало.
--------
Нашёл в чём проблема, там путь до сохранений не используется
Путь до сохранений и конфига задаётся либо по умолчанию, либо где место запуска эмулятора. Т. е. сейчас если запустить с hdd0:/fceu.elf, то конфиг будет hdd0:/FCEUltra.cnf, а сохранения hdd0:/sav, hdd0:/fcs. Попробуйте. Потом сделаю исправление, правда не знаю, что делать с этим функционалом, если только смотреть на наличие FCEUltra.cnf и так решать откуда грузиться.