Примерно так.
Настройка управления - Options -> Input. Там нужно для первого джойстика выбрать mode: Key-Set 01. Затем там же выбираем Define Joystick Keyset - настраиваем клавиши.
Запуск игры - File -> Load and Run. Когда появится возможность печатать, вводим RUN и жмем Enter. Ждем, пока загрузится игра (можно увеличить скорость Options -> Maximum Speed).
Когда игра загружена, нам не известно, какой джойстик она считает главным. Если после загрузки игра не реагирует на клавиши, назначенные на джойстик, то жмем Alt-F10, меняя джойстики до тех пор, пока не заработает.