Берёшь mmc3 ром существующей в дампе игры, разбиваешь его на prg и chr часть, открываешь в hxd редакторе копируешь начало prg в буфер и ищешь в дампе как шестнадцатеричные значения, находишь по какому адресу находится prg в дампе, то же самое проделываешь для chr. Затем так же разбиваешь ром игры которую хочешь вставить, открываешь в редакторе prg часть выделяешь всё целиком, копируешь в буфер, переходишь по адресу, который нашёл в дампе и делаешь вставку с заменой. То же самое повторяешь с chr, после этого сохраняешь дамп и открываешь его в эмуляторе, проверяешь, что вместо старой игры запускается новая. Если вставил всё правильно без смещения, то должно работать.