Думается так.
Дисней предоставил Капкому лицензию на разработку игр по своим мультам. Лицензия имеет свои сроки действия. Вероятно, ее можно было продлить, но так или иначе Дисней это делать не стал.
Году к 1993-му Капком, видя, что лицензия подходит к концу, захотели выжать из нее все, что можно, и наделать побольше игр. Наиболее логичный вариант - создать сиквелы к самым популярным и прибыльным диснеевским играм на NES: Duck Tales и Chip & Dale. (Черный Плащ не был особо прибыльным, и его не рассматривали.) На СНЕС продолжения делать затратно и хлопотно: новая консоль с более сложной архитектурной, плюс кассовый успех игр по давно закончившимся мультам никто не гарантировал. Куда проще выпустить игры на NES: знакомый движок Мегамена, куча наработок (наверняка), опробованный геймплей, который оставалось лишь улучшить.
Игры выпустили, и их тогда мало кто покупал, поскольку все играли на СНЕС. Зато наше детство они очень сильно украсили.