вы используете его звуковой чип ? или генерацию прерываний по сканлайнам или тактам проца ?
или же только банкинг, но не продвинутые фичи ? 
Прерывание используется да.
Так как пришлось ещё улучшить код, для устранения тормозов, а это давало ещё солидную прибавку. Оригинал и на 1 игрока в некоторых местах тормозит, это можно даже на "1-2" заметить по дерганию экрана. Да это же можно и на mmc3, но в моем представлении vrc6 более эстетичный, поэтому был выбран.
Можно и без маппера как в оригинале, но времени много нужно, а чтобы кто-то на полочку поставил, приятно, но не очень заманчиво.
Касаемо звуковых каналов, это было в идеях, можно использовать для 2 игрока. Но тут уже есть нюансы, они не совсем одинаковые, и ещё не на всех приставках их слышно. Или использовать для улучшенной версии саундтрека, ну это уже не совсем оригинал будет.
В трубы лазить нельзя, в режиме двух игроков?
В вертикальные трубы надо 2-ем заходить. Так сделано, чтобы избежать абсурдных ситуаций, скажем когда один решил зайти, а второй дальше побежал, и где-то застрял, так что уже не зайти.
И потом жди таймера...
