Почему такие адски долгие загрузки? Лучше бы конечно с Canvas/WebGL или на известном движке, и чтобы грузилось сразу и один раз. Здесь вы либо мучаете дохлый сервер, либо тупо поставили таймер, чтобы показать красивый бесполезный и долгий загрузочный экран. Код не разобрал до конца, но кажется дохлый сервер. Причём loading-object продолжают анимацию после загрузки.
Здорово, что сохраняется прогресс, только сколько же проблем может быть, если стараться сохранить это на долгое время. Через год куки сдохнуть. В вебе сохранение неудобное. Я бы не сохранял текущую сессию, тормоза из-за этого тоже.
В остальное нормально, в этом жанре кроме UI и набора кроссвордов ничего не сделать нового. Можно было отмечать клетки, где уже точно нельзя закрасить.