Сохранения делаются всюду одинаково. Игра пишет их в ОЗУ. Может быть ОЗУ с батарейкой, может быть FRAM без батарейки, не принципиально.
Ну а на карту уже ОС флеш-картриджа переносит. Для каждой игры отдельный файл, естественно.
Добавлено позже:
"Закончиться" память не может. Каждая игра использует её для себя и полностью затирает предыдущее содержимое. Поэтому и делается копирование сохранений на карту и обратно.
Вообще надо понимать, что каждая игра, загруженная во флеш, работает так же, как на обычном картридже.