почитать можно в инструкции к VirtuaNES, не пробовал Readme_E.txt читать ?
вкратце - IPS файлы никак не запустить, потому что это патчи для ромов, они не запускаются а применяются к какому-то рому.
нужно его/их покласть в папку IPS эмулятора, включить в настройках "Auto IPS patch", и открывать ром игры. имя рома и ips-файла должны совпадать.