Мне пришла интересная мысль, и попробовав на практике я убедился что это работает:
Сейвы между парными версиями покемонов совместимы - то есть к примеру поиграв в FireRed, если сохраниться и переименовать сейв в LeafGreen открыть эту версию игры она прекрасно откроет этот сейв. (Имеются в виду внутриигровые сохранения а не сейвстейты эмулятора) Что это даёт?
В парных версиях разные эксклюзивные покемоны которых можно поймать, например:
Для пары FR/LG первое различие на route 4:

Открываем игру FR ловим Ekans, переименовываем файл .sav, открываем LG, ловим там же Sandshrew. Результат:

Совместимы только игры из одной пары, то есть Red совместим с Blue, но не совместим с Yellow. Я пробовал некоторые варианты, если брать игры для одной консоли, но не из пар, то игра сообщит что сейв повреждён и удалит его или зависнет. Был вариант когда играла музыка и можно было даже открывать меню, но всё равно играть было нельзя.
Пример совместимых по сейвам пар игр:
Red/Blue, Silver/Gold, FireRed/LeafGreen, Ruby/Sapphire, Soulsilver/HeartGold. Я проверял, эта схема работает на GB/GBC/GBA/NDS. Насчёт 3DS сомневаюсь, там более сложная система сейвов, не думаю что заработает.
Полный покедекс собрать по этой схеме нельзя, потому что некоторые покемоны эволюционируют только при обмене между консолями, такие как Gengar и Alakazam, но всё же без читкодов и ромхаков можно собрать почти всех. Может быть этот способ давно известен но я о нём нигде не читал и придумал сам.