Спойлеры, если вдруг кто до сих пор не знаком с сюжетом игры и еще планирует поиграть.
Конечно, концовка "Alyx" просто тотально повлияла на все развитие сюжета. И оставила тучу вопросов. Причём до конца игры, думаю, всем казалось, что это просто спин-офф, рассказывающий о событиях между первой и второй частями игры. Но концовка показала, что это не так или, как минимум, не совсем так. Вообще, совершенно непонятно, что произошло. Если G-Man показал Аликс будущее и решил "взять ее на работу", оставив стазис-поле или где там, то как же она участвовала в событиях "Half-Life 2"? Тем более, что там она явно не помнила подобных событий. G-Man изменил историю? А кто же его освободил при изначальном ходе событий? Или это вообще параллельная вселенная? И теперь мы видим, что возможности G-Man'а по манипуляции временем ну очень мощные. Он отлично знал, что произойдет в будущем, уже после того, как он вернет Гордона Фримена из стазис-поля. Кстати, Джимен заявляет, что Фримен не оправдал доверия, примерно так, потому теперь нужен новый "сотрудник". Но если он (Джимен) знал, что так произойдет, зачем же он тогда выводил Гордона из стазис-поля и старался использовать его в своих целях? Или же Джимен заранее знал, что так произойдет? А, может, он после событий второго эпизода вернулся в прошлое, чтобы что-то изменить, и там его и поймал Альянс? А после освобождения G-Man как раз и изменяет историю. Но тогда события, которые изменились и позволили Илаю выжить, вообще не должны были случиться, как минимум, там многое должно быть иначе, так как Джимен забрал из временнОй линии Аликс, и все, что связано с ней, должно было происходить в истории, рассказанной в "Half-Life 2", иначе, а это значит, что всё должно было быть СИЛЬНО иначе, так как Аликс была одной из центральных фигур всех событий. Впрочем, мы даже точно не знаем, что именно Джимен сделал с ней в конце "Аликс". И все это может объясняться совершенно другими законами и закономерностями времени, чем я сейчас думаю.
Очень надеюсь, что у авторов игры есть ответы на эти вопросы и что они все-таки сделают продолжение и покажут нам завершение истории.
