По-моему, если не используются дополнительные алгоритмы фильтрации и т. п., а в этом суть линейного входа, то звук должен быть одним и тем же, учитывая что Windows API используется один и тот же. Тут уже вопрос, правильно ли используется API и какие есть нюансы. Наверно можно попробовать просто записать одно и тоже в разных программах и сравнить сэмплы.
