Не хватает конечно такого же Ram Search.
Да, в Mesen ограниченный Cheat Finder и он ищет только по $0-7FF. В Mesen есть баги, у меня бывало не изменялся код после вставки.
Как вставлять свой код в код игры?
В Mesen выделить в Debugger участок кода, ПКМ > Edit Selected Code. Правда, если область ещё не использовалась, то в Mesen нельзя будет так сделать. В таком случае можно байты напрямую вставить в Memory Tools, лучше способа не знаю.
как это сделать если инструкция использует всего 2 байта, а прыжок с адресом занимает 3 байта?
Может взять ещё инструкцию и перенести в код куда прыжок.
--------
Или перенести код, который мешает, и сделать JSR на него (до или после). Конечно там не должно быть выходящих branch инструкций.