Открываете Mesen-S (или другой эмулятор как bsnes-plus), доходите до босса, открываете окно Debug -> Sprite Viewer: Ctrl+S для сохранения всех спрайтов на экране, так делаете для каждого нужного кадра. Там есть Lua-скрипты, что возможно поможет сохранить все кадры.
Добавлено позже:
Знаю ещё два метода:
* Правильный и очевидный - изучить код, чтобы узнать структуры данных и т. п. Будут получены палитры, тайлы, карты (tilemap).
* Автоматизированный способ описанный мной выше. Требует некоторых знаний программирования.
Отключить в эмуляторе фоны (в Mesen - Options > Video > Advanced: Hide background layer 0/1/2/3), если так неудобно играть, то можно записать геймплей без отключения фонов (Mesen - Tools > Movies > Record) и после воспроизвести (Play) с отключёнными фонами. Записать lossless (без потерь) видео средствами эмулятора (а не дурацким Bandicam и т. п.) в месте с нужными спрайтами (Mesen - Tools > Video Recorder > Record: Camstudio). С помощью ffmpeg нарезать видео на кадры (PNG). С помощью Python и библиотеки PIL (pillow) найти все спрайты на кадрах, используя какой-нибудь метод "заливки" (обход графа), чтобы отделить связанные пиксели от сплошного фона. Позже удалить дубликаты спрайтов.
Из минусов: спрайты могут быть наложены (главный герой + босс, например), тогда они не подойдут или придётся вручную удалять. Из плюсов: в конце получим готовые спрайты в отдельных файлах.