Не путайте save state и save game (saved game). Первое - сохранение состояния, которое происходит в любое время, формат обычно отличается между эмуляторами и может отличаться между версиями одного эмулятора. Второе - сохранение, которое поддерживает сама игра, обычно формат всегда один.
У игры "Legend of Zelda, The - The Minish Cap" в начале выбирается один из 3 файлов, это save game. Save game сохраняется в mGBA (про Wii порт не знаю) как .sav, а save state как .ss0, ..., .ss9. Попробуйте эти .sav файлы использовать в Windows в mGBA. Размер .sav для этой игры 8КБ, save state - ~50КБ, можно сразу понять то или не то.