Проблем совместимости нинтендовских геймпадов с тушкой famicom нет же? Потом тысячи за 2.5-3 куплю пожелтевшую тушку на NTSC 
Все таки в СНГ большую ценность представляет PAL версия из рекламных вставок Супонева 
Magic key и его клон смысла же нет покупать? Игры запущены с флеш картриджа?
Господи, сколько вопросов...
Насколько я помню, только у последних версий PAL-консолей защита стоит от неPAL-овских контроллеров. Наоборот, вроде, бы не писали. Не ручаюсь за правильность, думаю, тут люди лучше ответят. У меня лично пад от Super Famicom завёлся нормально без доработок (хотя, честно, не вскрывал, но пад привезли из Японии). Модель приставки та же самая.
Да, РОМ запущен с помощью флэш-картриджа без переходника. Clock Tower был патчен на снятие регион-лока, Contra 3 этого не требует.