Значит такая трабла, указал в настройках игры alternate dol, залил alternate dol на SD карту, лоадер собственно путь видит, файл видит, но при этом тупо грузит main.dol из самой игры, а не alternate dol. Куда копать, а то в гугле аналогичная трабла не гуглится.
