Пиратка отличается он не пиратки только кондиционностью микросхем. Ну фроны могут быть завалены, логические уровни, плавающие ячейки. Но вот чтобы это влияло только на графику 
А можно поинтересоваться, в чём там прикол? А то у меня тут одна пэдэшка (цветные полосы) не хочет на дискретном VDP запускаться
По идее надо соблюдать все условия совместимости: при передаче dma из рома или рама последняя запись должна быть в режиме word, и копироваться из ram, а не rom или регистра.
Вариант с dword например: move.l d0,(a0) зависает почти всегда на va0 моделях (проверено).
В Red Zone тоже такого вида записи, как минимум из-за них будут проблемы. В Zero Tolerance move.w #$0082,(a0) - такая у кого-то виснет, у кого-то нет. Касаемо Comix Zone, там move.l d0,(a0) тоже, но сам код исполняется из ram, видимо поэтому виснет иногда только. Хотя есть игры которые всё это соблюдают, но всё равно рандомно виснут.
Второе, это желательно также перед началом dma, останавливать z80. Возможно, в этом проблема с игрой Alien3. Пока точно неизвестно.
По картриджам - кое-кто заказывал изготовление партии картриджей у китайцев. И на первых моделях мегадрайва была проблема с графикой персонажей. Решил он это насколько помню, заказом более качественных у другого китайца.
