RetroArch точно запустится, есть для любых платформ.
Там есть ядро FCEUX, вроде бы свежее. По крайней мере, не нашёл ромов, которые не запускаются. Вроде бы, мапперов столько же как в мейнстрим версии.
Накрайняк, можно провернуть трюк с Bizhawk, там можно подключать dll.
Но, я не уверен, что 64-версии есть.
А standalone версия старая FCEUX она всегда глючила.
Тут обновлять ПК и юзать версию Win64 Qt/SDL которая, если хочется не в состави мульти-оболочек разных.