Проверил все способы,что нашёл,кроме перепайки кварца.
Китаец правда ответил,что
"Dear friend, I'm sorry, the SD2NES chip does not have clock function",но я то догадываюсь что оно там есть.
Может,конечно это из-за того,что перешли с Алтеры,на Ксилинкс.
Единственное,что полезное удалось добиться,это то,что после полного форматирования карт памяти с блоком 8кб,скорость доступа,согласно внутренним тестам,становиться 0.3/0.6 мс,а не 0.3/3.3 мс. Быстрые сохранения работают странно,но работают. Ничего не глючит и не артефачит.
Даже после ресета rtc не сбрасываются,но при отключении питания сбрасываются на установленное изначально