Есть такой контакт !CART. В обычных картриджах он заземляется и тогда картридж отображается в первых 4х мегабайтах, а мегацд во вторых. Если этот сигнал висит в воздухе (он подтянут к + сопротивлением), то в первых 4х мегабайтах будет мегацд а во вторых - картридж. Обычно, это картридж с ОЗУ с батарейкой, тот самый для сохранений. Сам процессор стартует всегда с первого мегабайта. Т.е., правильный вариант когда мегацд внизу, иначе софт его не увидит. А значит, картридж должен быть "хитрым", который стартует от себя а потом подменяет себя на лету (так можно, сигнал !CART не сохраняется). Поэтому только флешкартриджи которые это умеют, а именно сложные. Например, первый эвердрайв не сможет так.
Но имей в виду, что если ты соберёшься делать подменный картридж с BIOS и, возможно, сразу со Save RAM, то тебе придётся вытащить ПЗУ из MegaCD чтобы не было конфликта.