Прежде всего, я бы сначала убедился в работоспособности джойстиков, например, подключив заведомо рабочие. Если с рабочими джоями проблема сохраняется, то следующий шаг - осмотр пайки самих разъёмов на предмет кольцевых трещин, и в случае надобности пропал их. Если и с этим всё ок, то осмотрел бы пайку процессора, конкретно - по дорожкам идущим от разъёмов до процессора. Разумеется, лучше вооружиться мультиметром и прозвонить.
Лично у меня был случай, что с виду всё идеально, но картинка артефачит. Грешил на слот, но мимо. При прозвонке оказалось, что дорожка, идущая от слота к процессору, просто сгнила, причём под лаком, непонятно, как так вообще, и естественно, визуально этого не видно, лак был целый, и дело было не в пайке. В итоге, параллельно этой дорожке припаял провод, и всё корректно заработало. Конечно, случай единичный, если вообще не выходящий за пределы разумного, но всё таки, как вариант, стоит проверить. Проще говоря, нужно прозванивать в любом случае, если дело действительно не в джойстиках, и уже на основе этого делать выводы. Если ни одной из перечисленных проблем не будет, скорее всего вылетели линии в процессоре. А там, может быть, гуру железа ещё придут, расскажут чего, ибо я нуб, рассказал, что знаю