EL_Barto, извините, что долго не отвечал.
Что-то мне кажется, что-то у вас неладное творится с самим программатором FlashKit. Нужно начать все сначала и все проверить.
1. Я так понимаю, вы пользуйтесь версией ПО от Migera? Пока для проверки используйте "оригинальное" ПО.
2. Попробуйте сделать дамп какого-нибудь картриджа. Не "самодельного" и не FlashKit. Если будет какой-нибудь лицензионный картридж, то самый лучший вариант. Снимите дамп картриджа и запустите в эмуляторе. Работает? Тогда сравните с хорошим дампом из GoodGen или No-Intro. Можно для этого использовать программу
Guiffy Binary Diff. Нужно еще с регионом ROM-а угадать, чтобы был тот же, что на картридже. Если не заработает, тоже сравните. Если картридж пиратский, то стопроцентного совпадения скорее всего не будет, так как на пиратских картриджах обычно отломана проверка региона. Но в чем будут отличия, я понятно объяснить не смогу. Возможно вам лучше выложить получившийся дамп здесь, я сам проверю.
3. Для проверки процесса считывания лучше всего взять какую-нибудь "большую" игру с размером ПЗУ 4 МБ. Примеры - Sonic 3D, Toy Story, Ultimate Mortal Kombat 3. Если такого нет, то на худой конец можно взять на 2 МБ.
4. Попробуйте записать ROM на "родной" картридж FlashKit. После записи картридж должен запускаться на приставке и с него должен считываться 1-в-1 такой же ROM, какой и был записан. Лучше всего для проверки поочередно попробовать записать ROM-ы разных размеров в порядке возрастания: 128К, 256К, 512К, 1МБ, 2МБ, 4МБ. После записи каждого размера проводить проверку.