В NTFS такое произойти не может, без участия вирусов или физического повреждения винта.
И Master Boot как бы к FAT не относится, вообще говоря...
Ну, ты же понимаешь, что именно человек хочет спросить, ведь правда?

Никогда не стоит такие вопросы воспринимать буквально. Если у человека хватило квалификации установить, что произошло повреждение именно файловой системы, то он знает что делать и не спрашивает у других. В противном случае, нужно домысливать самый вероятный итог, который как раз повреждение MBR.