Победил я этот шум.
Как было сказано ранее, он очень чувствителен к тому что происходит с сигналом с 21 пина PPU. Если, например, подтянуть его к массе на 10 кОм, то шума будет больше. В результате демонтажа транзистора на плате фамикома, ветка с 21 пина PPU превращается в бесполезный аппендикс, довольно длинный и ловящий на себя помехи. Немного подумав я демонтировал переходную стойку 21 пина на плате мода NESRGB, тем самым укоротив его. Шума стало значительно меньше, он почти пропал. Далее, покурив немного разводку стало видно что сигнал с 21 пина идёт сразу же на вход операционника через резистор 100 Ом. Уменьшение номинала ни к чему не привело, а вот увеличение полностью решило проблему. Сначала подкинул 10 кОм, шум пропал, но на однородных участках изображения стали видны вертикальные полосы, особенно заметные на сером фоне. Методом подбора остановился на 3 кОм'ах.