Ну вроде как в случае с NESRGB обработкой большей части графической части занимается родной PPU, Altera там только сигналы в процессе перехватывает и на их базе строит RGB сигнал и на выходе там не родная только палитра. А вот с Hi-Def NES там PPU уже полностью на FPGA.
Тоесть NESRGB это как внутренний HDMI мод, только более замороченный, изза того что родная видеочасть на выходе RGB не дает и нужно изголятся.