Доброго времени суток!
Я встречал
подобную проблему, когда не было названия "Cxbx-Reloaded" у эмулятора. Т. е. без приписки ещё был. А проблема такова - в настройках кнопки назначаются, но в игре клавиатура не видна совсем. Для решения сказали вот что:
Be sure to go to Settings > Config Xbox Controller Mappings and switch Xbox Port 0 to DirectInput Port 0:
Но в "Cxbx-Reloaded" не так, ибо даже в Settings > Config Input только выбирается устройство и назначается. При этом контроллер вне зависимости от порта работает, т. е. менял на второго игрока и также определяется, а клавиатура от первого - нет.