В fceux.chm Lua Scripting. Фон и спрайты: emu.setrenderplanes(bool sprites, bool background), можно без скриптов управлять Config > Display > BG, OBJ или повесить на горячие клавиши Config > Map Hotkeys > Toggle Background Display и Toggle Object Display. Остальное не понял, видимо специфичное для игры, разбирайте код игры.