Больше интересен вопрос, почему серию так заштормило после 16 бит.
Видимо, из-за того, что снизилась популярность мультсериала. После выхода в 1992-м году таких вещей, как Batman TAS и X-Men TAS, возник спрос на мультфильмы с более-менее серьезными сюжетами, для подростковой аудитории. А насквозь детские Ниндзя-Черепашки стали терять популярность. Создатели, правда, решили принять меры - изменили тональность мультфильма, выпустили сезоны с "красным небом". Но получилось спорно, зашло не всем. Интерес к черепахам стал угасать, это сказалось и на играх.
Вообще да, "золотой период" игр про Черепах был именно с 1989-го по 1994-й годы. Потом, хотя в 2003-м по следующему мультсериалу игры выпускала та же самая Конами, ни по популярности. ни по фану они уровня предыдущих игрушек не достигли. А потом, когда Конами сменили другие игроделы (Юбисофт, насколько помню!), серия вообще пошла вразнос.