Retroarch в идеале т.к. там можно всё настроить, и картинку канонично. Но требует порога вхождения (но проще, чем кажется). И в общем его оболочка адаптирована под полное управление с геймпада.
А так, например, Bizhawk для начала. Проверил Config - Hotkeys - Save States вкладка, кнопки геймпада ставятся.
Это мультиплатформенные эмуляторы.