Ток течёт только если есть разность потенциалов, если отключить одну точку, то никуда не потечёт. Естественно, что логика в микросхеме продолжит работать, и выполнять деление частоты, но, вероятно, это не вызывает появление цифровых помех. Возможно наводка от проводника который идёт с кристалла на ножку и проходит рядом с проводником аналогового сигнала.