По мне, и то и другое в каждой отдельной игре бывает уместно, а бывает не очень. Когда уместно - мне нравится, когда нет - не особо.
Тот же Абобо в DD сначала в виде босса, а потом в виде обычного (путь и очень сильного) врага смотрится вполне нормально. Он в сюжете игры не персонифицирован, а так там даже рядовые враги названы по имени, а их тоже много. Так что все в порядке вещей.
Рефайты в Мегаменах, пусть к сюжету игры они пришиты белыми нитками, имеют геймплейный смысл. Мы можем "обкатать" все собранное нами оружие, использовав каждое отдельное на каждом отдельном боссе как слабость.
А вот не самые удачные задумки. В Castlevania: Symphony of the Night слуги Грим Рипера - Гайбон и Слогра - позже, во втором замке, встречаются уже как обычные враги. И так зря сделали. Оба перса колоритные, и из-за того, что их размножили, теряется их уникальность.
И в сеговских TMNT: Hyperstone Heist совсем уж натянуто выглядит, что на 4-м уровне собрали всех ранее побежденных боссов (полноценных персонажей из мультика и фильмов, причем в игре они даже речи произносили!) и скопом бросили на игрока. Вот тут и правда видно, что нечем было уровень заполнить.
Можно ещё примеры вспомнить при желании.