V_Nick, это происходит действительно редко, я сначала думал, что мне показалось. Чтобы удостовериться, запустил эмулятор и оставил его в свёрнутом виде на весь день, пока работал на ПК - скачки курсора определённо были систематическими.
Ещё точнее установить это получилось так: в Paint беру карандаш и рисую мышкой небольшой кружок, продолжая обводить его медленно снова и снова непрерывной линией (при запущенном puNES). В течение 3-5 минут карандаш резко прыгает в сторону от круга, прочерчивая свой путь - улика готова
Вот, собственно, "рисунок" - только начал второй кружок наматывать и примерно на пятой минуте курсор резко вверх прыгнул: