Мне кажется, система Поливанова звучит более гармонично именно для передачи японского русскими буквами. Сам иногда читаю мангу на английском и у меня особого диссонанса эта разница не вызывает. Как по мне, система Hepburn - адаптация под английский язык, система Поливанова - под русский.
В приведённом ролике по сериалу "Сёгун" актёр говорит по-английски, логично, что он будет использовать слово так, как его принято произносить в английском. Например, ведущая канала "Feli from Germany" в начале каждого ролика говорит на английском, что она "from Munich". Я всё думал - что за Мюник такой? Оказалось, что это слово и в оригинале, и на русском звучит "Мюнхен" (München), а англичане решили его так урезать. И, говоря на английском, Feli использует именно его нормы.
Как по мне, нет ошибки в том, чтобы переносить слова из другого языка по любой более-менее логичной системе. В устной речи стараюсь напрямую переносить звучание из другого языка, в письменной же использую ту языковую норму, которая будет понятна большинству, в случае с японским это Поливанов.
Для общего понимания темы, вкину немного общей информации.
...при выговаривании носителем языка слогов し, じ, ち произносится нечто среднее между «с» и «ш», «т» и «ч» и так далее, что вызывает споры, к каким русским аналогам эти звуки ближе. В вопросе с «с» и «ш» в системе Поливанова правильным был выбран вариант с буквой «с», а в системе Хэпбёрна — с «sh».
Система Хэпбёрна основывается на английской фонологии, а не на японской.
В 1938 году по заказу японского правительства было проведено всесторонние исследование системы Хэпбёрна, и было решено отказаться от неё из-за слишком сильного использования в ней английской фонетики вместо японской. В итоге система Хэпбёрна была заменена на собственноручно созданную японцами систему Кунрэй, где спорный звук записывался как si. Кунрэй был официальной системой и использовался повсеместно до 1945 года, когда оккупационный штаб сделал своим указом единственно правильной систему Хэпбёрна.
при переводе какого-либо японского текста на русский язык зачастую используются англоязычные материалы, что, при незнании спорной фонетики японского языка, ведёт к прямой кальке с английского варианта, в результате чего не используются те русские буквы, аналогов которым нет в английском алфавите - такие как «ё», «ю», «ц» и так далее.