Не может быть, проверялось и неоднократно, и не на одном эмуляторе. Эмуляторы скачивались с официальных сайтов, ROM'ы - с Emu-Land'а (соответствуют последнему datset'у no-intro).
Возможно, порядок действий был неверным?
1. Запускаем эмулятор (имеется ввиду VBA)
2. Выбираем тип сохранения - EEPROM
3. Перезапускаем эмулятор
4. Запускаем ROM
5. Играем (в Buu's Fury - сначала)
P.S. В конце концов, если не помогает предложенное решение (в чём очень сильно сомневаюсь) можно пролистать эту страницу вниз и увидеть раздел "Похожие темы". В одной из них подробное описание решения с помощью патчей, ИМХО, абсолютно ненужное, так как всё и так решается средствами эмулятора.
P.P.S. Кстати, попадался как-то вариант конфига к VBA, который решает подобные проблемы в разных играх.