Через Nestopia, там же Kaillera и прочие костыли. Всё криво прикручено, боль и страдания. Частые десинхроны, даже если играешь в одной сети, дисконнекты.
Чем со всем этим мучаться, лучше разобраться с коммандной строкой. Хотя, там ведь есть оболочки и без командной строки. Кажется, через Mednaffe.
Вписываешь сервер и погнал, их полно. Сервер emu-land часто лагает, кстати (как будто перегрузка и еле дышит). Такое чувство, что туда все ломятся. Советую какой-то менее популярный.
Большой плюс, что сервер может быть между двумя игроками (физически, находится посередине), в результате пинг ниже, чем если кто-то захостит у себя.
Но, если надо захостить у себя, то для винды есть порт, не говоря про линупсы (даже на Рапсберри aarch64 работает, проверял). Запускаешь mednafen-server.exe, там настроек фактически нет. Один лишь простой конфиг, где можно задать пароль.
Если один игрок дисконнектится, второго никогда не выкидывает. Это охренеть какой большой плюс. Как в MMORPG заходишь и не боишься, что выкинет. Можно джойстики менять местами, куча возможностей. Может быть несколько "зрителей" которые не играют, но в любой момент им можно передать управление. Для разных battletoads есть разгон и прочее.
Nestopia по сети, это для садомазохистов и они должны страдать.
Еще советую тогда через Fusion или какой-нибудь VirtuaNES, для остроты ощущений. Кто хочет нормально играть, тот играет.