Картриджами их делает только форм-фактор и электрическая совместимость. Внутри же они устроены по-разному.
Но для консоли то это все равно картридж, т.е. подключенная к шине память (в данном случае неважно ROM или RAM), из которой происходит исполнение кода или чтение данных. Вот на плате того же эвердрайва видно PRG и CHR RAM по 512к каждая. Использование PRG и CHR RAM - не что-то особенное, такое и в оригинальных картриджах встречалось.
код должен быть загружен в static ram, которая изначально пустая.
Интересно бы узнать конкретику. Так то первое приходящее в голову решение - во время зажатого ресета сразу залить небольшой стартап блок, который уведет исполнение в область консольной PRG RAM. Такое решение простое и не требует каких-то специфических архитектурных особенностей, т.е. должно работать везде, где работают обыкновенные картриджи, наверно даже на OneBus.
Вот реализация внутриигровых сейвов, на манер эмулятора, уже действительно требует применения магии, и тут возможны нюансы.
Кстати еще флешкарики потребляют относительно много тока - например у меня новодел со встроенными играми потребляет около 10мА, стародел на капле с китайской флеш-многоигровкой - около 30мА, а с эвердрайвом больше 150мА. Если в консоли стабилизатор без радиатора, особенно в корпусе "спиленный цилиндрик" (не помню название) может и поджариться.
Если бы флешкартридж делался изначально под клон на OneBus, то придумали бы способ загрузки подходящий для него.
OneBus это уж совсем новодел, но помимо этого есть же куча одночиповых клонов, в том числе новодельных, в которых просто реализован CPU+PPU. Тут да, глобальные архитектурные отличия, но к сожалению у меня нет таких приставок, и не знаю бывают ли они вообще без встроенных игр. Но замечание дельное - OneBus лучше обходить стороной.
Кстати в новоделах со встроенными играми бывают вот такие приколы:

2 выхода картриджа тупо посажены на питание. Чем это грозит надеюсь объяснять не надо. Так что даже если флешкарик и работает - не факт что это надолго.