Что касаеться Snes9x я пробывал делать на версии 1.43 три прохождения, и у всех играх были глюки, а в 1.43+ небыло.
Что касаеться GBA то возможность перезаписи значительно бы скоротило время создания прохождения, а игры там не маленькие, и думаю качество было бы получше, впрочем я только могу предложить, делайте как считаете нужным!