WinHex ругается, говорит ограничение 200Кб :'(
Это ограничение триал-версии.
Я же говорю, структуру заголовка изучи.

По адресу $01A0 указаны начало и конец РОМа.
MKII - 00000000 - 002FFFFF
MKIII - 00000000 - 003FFFFF.
Соответственно, 3 и 4 Мб. Так что нарезкой пополам ты их просто убил

Если же указано 000FFFFF - это 1 Мб, вообще на 4 резать надо. Впрочем, можно и не резать, работать будет, называется overdump, таких в Гуде полно, хотя это дурной тон.
Правда, всё вышесказанное относится только к оригинальным картриджам. В нелицензионных размер РОМа может быть не указан или указан не правильно. Так же во многих русских версиях размер увеличен, например оригинал 1 Мб, а перевод 1,2 Мб.
Добавлено позже:Магистр 16 - один из таких случаев. В заголовке указано 00040000, что видимо, по мысли авторов, должно обозначать 4 Мб

PS
С Магистром можешь особо не париться. Дамп снят правильно, только всё равно не запустится. Тем ещё куча левого железа нужна.