Существует VBA Link, так там даже если окно не активно, то течение времени не останавливается, и если ты сделаешь так, что кнопки в запущенных версиях совпадают( для каждой версии создается свой ini файл), будешь играть в две версии , так же как ты бы играл в одну( по идее), а если нет, можешь одновременно управлять персонажами в различных версиях по разному, если пальцев хватит.
P.S. Попробовал запустить одновременно американский и японский Metroid:Fusion с одинаковым управлением, разное количество экранов текста, это понятно, во время некоторых прыжков, из-за каких-то глюков сигнал чуть-чуть задерживается для одного запущенного эмулятора, и одна Самус Аран хватается за край платформы, другая пролетает мимо, про определенную рандомность поведения монстров я скромно промолчу.