К сожалению не играл в FFX и даже не представляю каким эмулятором пользовался автор, но как мне кажется уже сталкивался с подобной проблемой.
Помню когда играл в FF7 на ePSXe тоже в определенных местах были проблемы и потемнения, как правило в тех, где фоновые текстуры становились динамичными, приходили в движение или просто подменялись видео роликом (не знаю как это правильно называется, уж извините : ).
Все дело в том, что я пользовал стандартный эмулятор сд привода в ePSXe, так как это удобнее, плюс он читает образы в сжатом виде и вроде в других играх проблем не возникало, но видимо этот эмулятор плохо справляется с чтением этих самых "динамических текстур", которые как раз свойственны серии FF и больше ни где не попадались.
Короче проблема решилась просто, стал использовать демон тулз вместо стандартного привода ePSXe и все стало работать как надо.
Тут ситуация может быть совершенно другая, но может и поможет кому...